Trong suốt triều đại Charles I, vấn đề tôn giáo luôn đứng vị trí hàng đầu trong những cuộc tranh luật chính trị. Thần học Arminian nhấn mạnh quyền của các giáo sĩ có thể từ chối hoặc chấp nhận sự cứu vớt, và vì thế bị coi là dị giáo và một thứ có thể dẫn đến sự trở lại của Giáo hội Công giáo Roma trên đất Anh, vì nó đối lập với Thần học Calvin. Charles đồng tình với lời giáo huấn từ những người Arminia, và đặc biệt ông muốn đưa Giáo hội Anh (đang có khuynh hướng dựa vào Thần học Calvin) chuyển sang một mô hình khác truyền thống hơn và bí bích, và những người Thanh giáo coi hành động như vậy là không coi trọng đức tin.[103] Ngoài ra, những người Tin Lành dõi theo tình hình chiến tranh ở châu Âu rất thường xuyên[104] và sự thất vọng tăng cao đối với các chính ngoại giao của Charles đối với Tây Ban Nha và thất bại của ông trong việc ủng hộ phe Tin Lành ở lục địa.[105]

Năm 1633, Charles bổ nhiệm William Laud làm Tổng Giám mục Canterbury.[106] Cùng với đó, họ bắt đầu một loạt cải cách chống lại Calvinist nhằm cố gắng đảm bảo tính thống nhất tôn giáo bằng cách hạn chế những thuyết giả không theo Anh giáo, nhấn mạnh rằng các nghi thức tế lễ được tổ chức theo hướng dẫn của Kinh Cầu nguyện chung, thiết lập trong nội bộ các công trình nhà thờ ở Anh để nhấn mạnh bí tích, và tái tuyên bố Tuyên bố giải trí, theo đó cho phép các ngoại động truyền thống trong ngày sabbath.[107] Những người được cấp đất từ nhà thờ, một tổ chức mua tài sản và quyền tiến cử làm mục sư mà đứng đằng sau có thể là người Thanh giáo, bị giải tán.[108] Để truy tố những người phản đối cải cách của mình, Laud đã dùng hai toà án quyền lực nhất, Tòa án High Commission và Tòa án Star Chamber.[109] Các tòa án trở nên lo sợ vì quan điểm tôn giáo đối lập của họ, và những hình phạt được tiến hành gắt gao ngay cả đối với giới quý tộc, khiến quần chúng không bằng lòng.[110] Ví dụ năm 1637 William Prynne, Henry Burton và John Bastwick bị đóng gông, đánh roi và cạo lông và bị giam cầm không thời hạn vì xuất bản các truyền đơn chống các giám mục.[111]

Khi Charles cố gắng áp đặt chính sách tôn giáo của ông đối với người Scotland, ông đối mặt với nhiều khó khăn. Mặc dù chào đời ở Scotland, Charles lại trở nên xa lạ với vương quốc ở phía bắc này; chuyến đi đầu tiên của ông tới Scotland sau thời thơ ấu là lần đăng quang ngôi vua Scotland năm 1633.[112] Trước sự kinh ngạc của người Scots, những người đã loại bỏ nhiều nghi thức truyền thống khi tiến hành nghi thức tế lễ, Charles nhấn mạnh rằng lễ đăng quang của ông được tiến hành theo nghi thức Anh giáo.[113] Năm 1637, nhà vua ra lệnh sử dụng một quyển kinh cầu nguyện mới ở Scotland có nội dung gần giống như Kinh cầu nguyện ở Anh, mà không thông báo với Nghị viện Scotland và nhà thờ.[114] Mặc dù sắc lệnh được viết bằng giấy mực hẳn hoi dưới sử chỉ đạo của Charles, bởi các giám mục Scotland, nhiều người Scot chống lại nó, cho rằng cuốn Kinh cầu nguyện là thứ đưa Anh giáo đến đất nước Scotland.[115] Ngày 23 tháng 7, cuộc nổi loạn nổ ra ở Edinburgh vào ngay ngày chủ nhật đầu tiên mà kinh cầu nguyện được sử dụng, và tình trạng bất ổn lan rộng ra khắp nơi. Công chúng bắt đầu tập hợp lại và cùng nhau tái khẳng định Công ước Quốc gia, theo đó cam kết sẽ duy trì các cải cách tôn giáo ở Scotland và từ chối bất kì sự đổi mới nào mà không có sự đồng ý của Nghị viện và Nhà thờ.[116] Khi Đại hội Giáo hội Scotland họp tháng 11 năm 1638, họ lên án kinh cầu nguyện mới, bãi bỏ chính quyền nhà thờ giám mục của các giám mục, và chấp nhận Chính phủ trưởng lão được lãnh đạo bởi các trưởng lão và người trợ tế.[117]

Chiến tranh các giám mục

Charles nhìn nhận tình trạng bất ổn ở Scotland là một cuộc nổi loạn chống lại triều đình của ông, và bắt đầu Chiến tranh các giám mục lần thứ nhất năm 1639.[118] Charles không tìm kiếm sự ủng hộ từ Nghị viện Anh để tiến hành chiến tranh, thay vào đó ông cử một đạo quân lên phía bắc mà không cần được Quốc hội viện trợ giúp và đội quân này đóng Berwick-upon-Tweed, nơi ở gần biên giới Scotland.[119] Nhà vua lo sợ cho quân đội của ông, vốn chẳng thấm tháp vào đâu so với lực lượng Scotland.[120] Trong hiệp ước Berwick, Charles giành lại được quyền quản lý pháo đài Scotland và bảo đảm việc giải thể chính phủ lâm thời trưởng lão, dù vậy sự nhượng bộ dành cho cả Nghị viện Scotland và Nhà thờ cũng không ít.[121]

Thất bại của Charles trong Chiến tranh giám mục lần thứ nhất gây ra một cuộc khủng hoảng về cả tài chính và ngoại giao đối với Charles, và sự túng quẫn đó càng tăng thêm khi ông cố gắng mượn tiền của người Tây Ban Nha, trong khi vẫn ủng hộ người anh rể ở Palatine, dẫn đến việc bị bẻ mặt trong Trận Downs, nơi người Hà Lan đã đánh tan hạm đội của Tây Ban Nha ở vùng bờ biển Kent trước sự bất lực của Hải quân Anh.[122]

Charles tiếp tục đàm phán nghị hòa với người Scot nhằm kéo dài thời gian để chuẩn bị cho một chiến dịch quân sự mới. Bởi vì tình hình tài chính khó khăn, ông buộc phải triệu tập Nghị viện để mong có thêm tiền trang trải chiến phí.[123] Cả nghị viện Anh và Nghị viện Ireland đều được triệu tập vào mùa xuân năm 1640.[124] Tháng 3 năm 1640, Nghị viện Ireland bỏ phiếu hỗ trợ cho nhà vua £180,000 để nuôi quân đội và hứa gửi 9,000 quân tinh nhuệ vào cuối tháng 5.[124] Tuy nhiên trong cuộc biểu quyết Quốc hội Anh vào tháng 3, các thành viên Nghị viện lại đưa ra quyết định trái ngược với phía Ireland,[125] vì thế quan hệ giữa nhà vua với Nghị viện trở nên tồi tệ vào tháng 4.[126] Bá tước Northumberland và Strafford có ý làm trung gian cho cuộc thương lượng giữa hai bên, theo đó nhà vua phải đồng ý bỏ thuế tàu thủy để đổi lại £650,000 (mặc dù chi phí cho chiến tranh ước tính lên tới £1 triệu).[127] Tuy nhiên, chỉ điều kiện này thôi khi không đủ làm vừa lòng Hạ viện.[128] Các thành viên Hạ viện "kêu gọi về sự đổi mới", nhưng Charles để ngoài tai, ông vẫn còn nhận được sự ủng hộ của Thượng viện. Bất chấp sự phản đối của Northumberland,[129] Nghị viện ngắn hạn (tên gọi thường được dùng vì thời gian tồn tại ngắn ngủi) bị giải tán vào tháng 5 năm 1640, một tháng sau khi được triệu tập.[130]

Đến giai đoạn này thì Strafford, Phó vương Ireland từ năm 1632,[132] đã trở thành cánh tay đắc lực của nhà vua cùng với Laud, theo đuổi một chính sách "triệt để" với mục đích làm cho vương quyền lớn mạnh hơn và đàn áp các thế lực địa phương và thế lực chống chính phủ.[133] Mặc dù ban đầu phê phán nhiều chính sách của nhà vua, Strafford lại đứng về phía hoàng gia từ năm 1628 (theo lời khuyên của Buckingham),[134] và cùng với Laud, trở thành các bộ trưởng có ảnh hưởng lớn đổi với Charles.[135]

Bị ảnh hưởng bởi thất bại của Nghị viện ngắn hạn ở Anh, Nghị viện Scotland tuyên bố rằng mình có thể tự cai trị mà không cần sự đồng ý của nhà vua, vào tháng 8 năm 1640, quân Covenanter tiến đến đất Northumberland thuộc nước Anh.[136] Charles và Strafford trực tiếp lên phía bắc để chỉ huy quân đội Anh, Vì bá tước Northumberland, người của nhà vua đứng đầu vùng đất này, đang bị hành hạ bởi bệnh gút và bệnh lị.[137] Những người lính Scotland, phần nhiều đã từng chiến đấu trong Chiến tranh Ba mươi năm,[138] có tinh thần chiến đấu và sự thành thục chiến trận cao hơn quân đội Anh, và dễ dàng tiến sâu đến Newcastle upon Tyne mà không vấp phải sự kháng cự nào. Ở nơi đây diễn ra Trận Newburn, và người Scot đánh bại người Anh và chiếm đóng thành phố cũng như vùng đất lân cận là Durham.[139]

Khi nhu cầu triệu tập Nghị viện ngày càng trở nên cấp thiết,[140] Charles đã có quyết bất thường khi triệu tập Đại hội đồng khanh tướng. Vào lúc cuộc họp diễn ra, ngày 24 tháng 9 tại York, Charles đã làm theo lời khuyên của hầu hết mọi người và triệu tập Nghị viện. Sau khi thông báo đến các quý tộc rằng một cuộc họp Quốc hội sẽ diễn ra vào tháng 11, ông yêu cầu họ tìm cách nào đó để ông có thể có kinh phí duy trì quân đội để chiến đấu với người Scot. Họ khuyên ông nên thương lượng với phía Scotland.[141] Một hiệp định hòa bình, dù cho đó không phải là hiệp định vĩnh viễn, đã được ký vào tháng 10 năm 1640, với thất bại nhục nhã của nhà vua Hiệp ước Ripon.[142] Theo nội dung Hiệp ước, người Scots sẽ tiếp tục chiếm đóng Northumberland và Durham, và được trả £850 mỗi ngày cho đến khi hòa bình lập lại và Nghị viện Anh được tái triệu tập, mà khi có Nghị viện mới có đủ vốn chi trả cho quân Scotland.[143] Do đó Charles lại triệu tập Quốc hội, Quốc hội này được biết đến với tên gọi là Quốc hội dài hạn. Một lần nữa, sự ủng hộ dành Charles khá thấp trong nội bộ Quốc hội. Trong số 493 thành viên của Hạ viện được phục chức vào tháng 11, có hơn 350 người chống đối nhà vua.[144]